明朝向朝鲜派兵并非为了恢复朝鲜领土，而是出自对本国的威胁意识下，打算阻止倭军入侵中国的目的，所以他们对待战争的态度与朝鲜截然不同。
在倭军撤军到首尔以后，明军阵营向首尔的日本阵营派出沈惟敬继续交涉议和。倭军也因朝鲜官兵的整备、义兵起义、明军进驻、军晌补给困难以及传染病等原因，处在逐渐失去战意下也打算交涉议和。
此后倭军于4月18日从首尔撤军会同江原、忠清道驻兵一起让全军南下。然后在西生浦到熊川的南海岸地区筑城等待议和，这时倭军也向晋州城发动了报复性攻击，激烈战斗中义兵长金千镒、庆尚右兵使崔庆会、忠清兵使黄进等壮烈捐躯、晋州城被攻陷，倭军对晋州城朝廷屠城，数万人命丧倭军刀剑下，血流成河。这一场战斗是壬辰卫国战争以来最为激烈的一次战斗。
沈惟敬与倭军一同进入丰臣秀吉本营后有使臣来往，但历经2-3年的交涉最终决裂。丰臣秀吉提出的讲和条件是：
一、迎明朝皇帝之女备为日本天皇之后妃;
二、两国年来因间隙而断绝的勘合贸易应予恢复,希望官船商船来往;
三、朝鲜八道中四道割让予日本;
四、以朝鲜王子及大臣一二作为人质,送往日本。
沈惟敬知道这一条件不会被接纳，诈称日本已同意向明朝称臣，请求封贡，得到了明朝的批准。于是1596年明朝派出使节递交了册封丰臣秀吉为日本国王的诏书和金印。
丰臣秀吉接到诏书暴跳如雷立即把中朝使团驱逐出境，再度备战以图入侵朝鲜。沈惟敬回国后因欺君罪被大明王朝军捉拿就地正法，历时两年的议和闹剧，就这样彻底破裂了。
1597年(宣祖30)议和交涉终于决裂，丰臣秀吉随即下令再次攻打朝鲜，先派出加藤、小西行长率领一万四千五百人先头部队于正月15日再次入侵朝鲜。
这时朝鲜把闲山岛作为统制营，坚守南海岸的统制使李舜臣被诬告免职治罪，海将元均受封全罗道左水使兼三道水军统制使。
当时任命朝鲜三道水军统制使的元均是一个不懂战术的昏庸无能的军官，在漆川梁战争卷入倭军策略而大败后本人也战死在战场。这一海战让李舜臣苦心经营的海上制海权顷刻间瓦解。
